為配合電玩GBA版（紅、藍寶石版）的推出，神奇寶貝於2002年開始播出《神奇寶貝超世代》（Pokémon Advanced Generation，簡稱AG）。城都聯盟篇結束後，小霞為了接替出門旅行的三位姐姐而不得不返回華藍市擔任道館訓練家，小剛也因為有事和小智分離了。小智為了重新出發，於是只帶著皮卡丘搭船前往豐緣地區，在那裏認識了新人訓練家小遙和其弟弟小勝，後來小剛更又重新加入，於是四人並展開全新的冒險。
超世代共分為豐緣聯盟及對戰開拓區兩篇，和第一部的不同之處是，故事變成了兩條主線：一方面小智為了參加豐緣聯盟，努力挑戰道館而收集徽章。豐緣聯盟大會結束後，則改挑戰故鄉關都地區的對戰開拓區；另一方面小遙則以成為頂級協調訓練家為目標，挑戰各地的華麗大賽取得緞帶，參加華麗大型慶典。兩人都為了達成各自的目標，與神奇寶貝一同奮鬥。
