鴇羽舞衣與弟弟巧海在搖擺的郵輪上等待到案,他們的目的地是名為“風華學園”的高等學校。父母雙亡的舞衣意外獲得了風華學院的獎學金,決定與弟弟一起轉到這所學校。
大海航行之中,舞衣突然發現大海上漂流的一名少女。這名抱著大劍的少女名叫美袋命,舞衣將她救上船。隨後,船上又出現一名名叫玖我夏樹的神秘長發女子。夏樹見到命之後立即要取對方性命,並召喚出機械獸參加戰鬥!舞衣被眼前發生的情景震驚,但此時,她的超能力也覺醒!原來舞衣也是擁有“HiME力量”的超能力者。
戰鬥過後,舞衣與弟弟巧海繼續向風華學園前進,卻不知道,那裏等待他們的,是HiME力量的秘密與宿命的束縛。