浮現在太平洋上的美麗島嶼：“神海島”。島上世代相傳著“海底沈睡著古代遺跡“海底宮殿”、300年前存在的2個女海盜“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那裏留有寶藏”的傳說……
來神海島渡假的柯南一行人與聚集在此地尋寶的“寶藏獵人”（海盜獵人：在現代，奔走在世界各地、尋找昔日海盜埋藏寶藏的人們通常被稱為“寶藏獵人”。）們偶遇，在這裏，隨處可見不軌舉動的寶藏獵的人們，不過隨後在探索海底宮殿時，1名寶藏獵人被鯊魚群襲擊後死亡。由於事出蹊蹺，柯南便同灰原等人展開調查。柯南運用推理將寶藏獵人被殺事件和寶藏傳說逐一解開。最大的謎團，隱藏在“海盜旗”（海盜旗：它作為18世紀的船員最不願看到的東西，畫著骷髏、代表著海盜的旗幟。）中的秘密究竟是什麽？這回，高潮的舞臺，被轉移至海底宮殿。
