所有的Battle Spirits（戰鬥之魂）起始的世界，Spirits World。
曾經，令人恐懼的邪神皇讓Spirits World陷入崩壞的危機之時，當時的勇者們使用十二神皇之力將那邪惡的力量封印。
自那以來經過漫長的歲月，如今，企圖讓邪神皇再度復活的邪惡之人現身了……
「被十二神皇選中的勇者們啊，請齊心協力拯救世界吧——」
喜愛Battle Spirits的少年茂上駿太，某天在卡片的引導之下，被召喚至異世界「Spirits World」。
召喚了駿太的巫女艾托，告訴他邪神皇的復活將給Spirits World帶來滅亡的危機。
為了將其阻止，必須再度集結十二神皇之力。
駿太在艾托的引導下，和同洋被召喚自其他世界的少年約克·阿爾巴特邏薩壹起，展開了尋找散落在世界的十二神皇之旅。
他們究竟能否拯救世界！？少年們的冒險，現在開始！
