一群菁英科學家在設備精良的海底研究中心,進行創世紀的醫學研究,沒想到他們卻改變了自然生態,讓一群惡鯊變得聰明敏捷。這些隱藏在平靜海面下的殺手,正蓄勢待發,以報復人類為樂趣……
生化制藥廠的老闆法蘭克林(山繆傑克森飾),是海底研究中心的贊助金主。他提供龐大資金讓蘇珊麥博士(莎佛朗布洛絲飾)研究抗老年疑呆症的神奇藥丸。麥博士與他的研究小組在孤立海中的海底研究中心,以最古老的生物--鯊魚為實驗物件,取其腦中蛋白質,注入人類壞死腦細胞,以完成偉大的醫學成就。但法蘭克林因為投資失利,預備終結研究中心的經費贊助,這對於成功在望的麥博士而言不啻是一個重大的打擊。在努力說服下,法蘭克林只好要求盡速看到成果,並且前來研究室目睹他們的成就。這時候暴風雨也正在緩緩的向海底研究中心逼近……
為達到目的,麥博士早已加大鯊魚的腦容量,以萃取更多腦蛋白,但同時鯊魚也逐漸變的聰明,並且越來越強壯。但這不為人知的改變只有麥博士和鯊魚朝夕相處的潛水夫卡特(湯瑪斯傑恩飾)察覺。
雖然卡特曾向鞏蘇珊麥提出警語,但蘇珊麥為使得實驗正常進行,置之不理。終於,在最後一次的成功實驗中,向人類展開致命的報復,求援有直升機在風雨中趕到,卻也不幸被聰明的巨鯊襲擊,一場不可避免的大災難於是展開。他們該如何對抗自己創造出來的變種惡鯊,誰又能從這險境中死裏逃生?!