由河森正治擔任原作及總監督的《AKB0048》，時代背景要從 21 世紀初開始講起，由於人類科技的進步導致的世界大戰，還有因其造成的環境的汙染，讓人類開始航向宇宙中展開新的生活，並開啟了「星歷 00 年」的世代。而根據統治者「超銀河聯合」的法令，演藝圈與歌曲等會混亂人心的東西都是被禁止的，甚至也進行了嚴格的取締和懲罰，為此偶像們的身影也就逐漸消失在大家的眼前，人類的心靈也被逐漸黑暗籠罩……。
本作是壹部由開創「SF」×「偶像（歌）」×「變形機械」的SF動畫，登場的人物沿襲了「AKB48」的名字並且繼承她們的靈魂。動畫的制作班底中包括了河森正治（總監督）、江端裏沙（角色設計）、SATELIGHT（動畫制作）等等，跟「超時空要塞Frontier」十分相似，令當時不少動漫迷都覺得是次制作並非壹般偶像動畫那麽簡單。
而就在「偶像」這種存在幾乎要滅絕的時候，名為「AKB0048」的偶像團體復活/誕生了。那是過去在地球面臨存亡之戰時，點亮人心、並歌唱、舞動至最後壹刻的偶像團體「AKB48」的後繼者。AKB0048 繼承了他們的靈魂，以非法偶像的名號登場！
既然是非法，所以當然也無法舉辦公開的演唱會……，但是在這演藝行為被禁止的時代，更顧不得危險，她們強行前往粉絲們的所在、並為大家展開了表演。這個時代的「AKB」已經從「想看就可以去看的偶像」進化成為「會前來表演給妳看的偶像」！在這個黑暗的世界中，她們將以「奇跡的演唱會」為失去夢想的人們帶來充滿希望的未來。
但是，壓倒性的影響力也襲向這些女孩們，無視於聯合政府進行活動的她們，理所當然就被認定為是恐怖份子，為了保護自己的舞臺還有粉絲和大家的希望，她們將拿起武器戰鬥。「只要還有粉絲在的壹天，就算受傷倒下我們也會繼續戰鬥，我們將不會停止唱歌！」
而時間來到了星歷0048 年，在這個命運般的壹年，展開了第77 屆的研究生的故事，在這些女孩中能夠成為新的希望之星，站上舞臺的是誰？全新的偶像故事就要從這裏開始。
