在鉆石&珍珠系列中，劇情的設定比之前更加深入，成為了全系列中集數最長的篇章。小智的道館挑戰和小光的華麗大賽的劇情更加豐富，當然其中相間的集數也要比之前的系列更多。全系列中有了更多的相會與別離，更多的勁敵和夥伴。
另外，鉆石&珍珠系列中引入了更多狂野和驚心的情節，小智的勁敵真司相較小茂更多地表現出對神奇寶貝嚴厲和殘酷的一面，而神奧地方的邪惡組織銀河隊也引發了更大的災難。甚至在這一系列中，出現了獵人J這種用先進科技抓捕神奇寶貝並拿去販賣的角色。
在鉆石&珍珠系列中，小智有更多的時候沒有戴著帽子。
